Clasificación de la Liga 1998/99

No Equipo Puntos
1 Málaga 79
2 At. Madrid B (*) 74
3 Numancia 73
4 Sevilla 71
5 Rayo Vallecano 71
6 Las Palmas 68
7 Toledo 65
8 Compostela 61
9 Spórting 59
10 Mérida 59
11 Lleida 59
 
No Equipo Puntos
12 Recreativo 58
13 Osasuna 57
14 Badajoz 51
15 Albacete 50
16 Logroñés 48
17 Leganés 47
18 Éibar 47
19 Mallorca B (*) 45
20 Barcelona B (*) 44
21 Hércules 40
22 Orense 27
  Ascenso a Primera División   Promoción a Primera División   Descenso
(*) Estos clubes no pueden ascender por ser filiales de equipos de 1ª división.